Genel Sekreterlik, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ve 124 sayılı Kanun Hükmünde Kararnameye göre kurulmuş bir yönetim örgütüdür.

Rektöre karşı sorumlu olarak çalışan Genel Sekreterlik, üniversiteyle ilgili her türlü destek hizmeti ile idari nitelikteki iş ve işlemleri yürütür.

Genel Sekreterlik ilgili kanunlarda tanımlanan görevlerini yine aynı mevzuat ile kurulmuş Daire Başkanlıkları ve diğer birimler aracılığıyla yerine getirir.

Kırıkkale Üniversitesi Genel Sekreterliğinin yönetsel örgüt şemasında şu birimler bulunmaktadır:

DAİRE BAŞKANLIKLARI VE DİĞER BAĞLI BİRİMLER                                                        

HUKUK MÜŞAVİRLİĞİ
BİLGİ İŞLEM DAİRESİ BAŞKANLIĞI
İDARİ VE MALİ İŞLER DAİRESİ BAŞKANLIĞI
KÜTÜPHANE VE DOKÜMANTASYON DAİRESİ BAŞKANLIĞI
ÖĞRENCİ İŞLERİ DAİRESİ BAŞKANLIĞI
PERSONEL DAİRESİ BAŞKANLIĞI
SAĞLIK KÜLTÜR VE SPOR DAİRESİ BAŞKANLIĞI
STRATEJİ GELİŞTİRME DAİRESİ BAŞKANLIĞI
YAPI İŞLERİ VE TEKNİK DAİRESİ BAŞKANLIĞI
BASIN YAYIN VE HALKLA İLİŞKİLER BİRİMİ